第二师团师团长由乃木希典中将担任，下辖第三、第四两个混成旅团，旅团长分别为山口素臣少将和伏见宫贞爱少将，其作战兵力达到了25000人。由于运输及补给等多方面的原因，日本大本营决定由伏见宫贞爱亲王率领第四混成旅团，以及配属给该旅团的臼炮大队、工兵大队和宪兵大队共计13000余人先期入台。就是带着这样一种“神圣的使命感”，第四混成旅团于9月16日，踏上了这块让几代日本人垂涎三尺、梦寐以求的肥沃土地。
这一个多月，台湾总督兼军务司令官桦山资纪可以说是惨淡经营、度日如年。第一旅团被歼以及比志岛支队受重创，使得侵台日军已经无力对新竹地区发动新的攻势，而台北民众此起彼伏的顽强抵抗，更是令日军疲于奔波、一筹莫展。盼望已久的第四旅团在基隆登陆，终于让心有不甘的桦山资纪、北白川宫能久亲王等来了与台军再决雌雄的时机。
9月19日，当刚刚抵台、人地生疏的第四旅团才接替完第二旅团在台北各地的防务，桦山资纪就迫不及待地再次组成了以近卫师团第二旅团为主力，由北白川宫能久亲王任总司令官的征南支队。日军征南支队分为东西两路南侵新竹，其中：东路由比志岛支队和临时配属的第四旅团一个步兵大队，以及一个宪兵中队、一个工兵中队、一个骑兵中队和一个炮兵中队约4400余人组成。比志岛义辉担任总指挥，循山路经三角涌（今三峡西南）、大科嵌（今大溪）、龙潭坡，直指新竹；西路由近卫师团本部、第二旅团及临时配属的总督府直属骑兵中队共7800余人担任主攻。沿大道经桃仔园（今桃园）、中坜、杨梅、大湖口，合击新竹，由北白川宫能久中将亲自指挥。另外，为了牵制台南刘永福的黑旗军大规模北上增援新竹，新组建完成的澎湖舰队在完成封锁台湾海峡任务的同时，还要派军舰不断在台南各主要港口外游弋，并进行试探性攻击。
9月21日，日军征南支队自台北出发，正式南进新竹。天刚蒙蒙亮，北白川宫能久亲王就率队出了北城门，总督桦山资纪、伏见宫贞爱亲王、民政局长官水野遵、陆军局长官大岛久直、海军局长官角田秀松等数十名总督府官员皆至北门外送行。总督府直属军乐队高奏《君之代》乐曲，为征南支队壮行，以期此战能够顺利攻克新竹，一举打通他们南进的通道。
尽管志愿军入台已经引起了日本大本营的极大重视和关注，但他们还是对攻取台湾的难度有些低估。通过对各方面的情报进行综合分析，他们发现义勇军渡海援台的人数应该是很有限的，近卫师团第一旅团被全歼只不过是被义勇军钻了空子而已。一旦台湾海峡被封锁，断绝了义勇军在人员和饷械上的后援，就算他们是“支那煞神”也唯有被慢慢困死一条路可走。也正是这种对志愿军入台后，台湾抵抗力量发生的质的变化、以及台军战略战术的改变和军民斗志的再度高昂认识不足，注定了日军此次南征仍会向上次一样不可能一帆风顺。
果不其然，征南支队刚刚离开台北城才十几里，就开始遭到义军的轮番袭扰。那种打了就跑的战术，虽然威胁不是很大，但却让急于南进的北白川宫能久亲王不胜其烦。一天下来，走走停停，直到天色已经完全黑了下来，竟然还没有赶到桃仔园。
从台北至中坜只是两天的行程，可西路的日军却花费了整整四天时间。一路上，东响一枪，西爆一雷，“贼兵”没见着几个，大日本皇军却已经伤亡了数十名士兵。几乎是每走上一段路，就会踩响地雷；冷不丁的从附近的竹林、土屋里还会射来子弹，真是令人防不胜防。当皇军冲进竹林或包围了土屋，却连一个人的影子也找不到，等待他们的不是地雷阵，就是各种以竹子制成的巧妙陷阱。这种损兵折将却又找不到对手的打法，不但让他们有力无处使，感到异常的憋气，而且还极大地打击了部队的士气。
鬼子这种在行军中既怕踩上地雷，又怕挨黑枪，走一会儿，打一会儿，停一会儿，又追一会儿的行军方式，速度自然是快不起来。开始，近卫师团第二步兵旅团长山根信成少将还对前卫中队行进的迟缓大为不满，专门派来来一名参谋训斥并督促。然而自从西路日军离开桃仔园后，没多久其后续部队也遇到了同样的麻烦，“土匪”利用其对地形的熟悉，日夜不停地对他们进行袭扰。
“土匪”的这种近似于无赖的打法，让北白川宫能久和山根信成也大伤脑筋。你不管它，它就会纠缠个没完没了；你要认真对付它时，它又像与你捉迷藏似地跑得无影无踪；就是你宿营时，他也不让你安生，弄得你一夜爬起来好几回，根本无法休息。不过，相比于这种比乌龟爬行快不了多少的行军速度，西路日军对中坜的进攻却出奇的顺利。北白川宫能久本来以为台军在中坜必定会拼命死守、顽强抵抗，但出乎意料的是，在皇军机关炮的一顿猛烈轰击下，他们很快就放弃了抵抗，趁着夜色匆匆撤出了中坜镇。
第二旅团全部进入中坜镇已是半夜时分，经过一天的疲劳行军和断断续续的小规模战斗，全体官兵都已是人困马乏。然而可恶的支那人却又故伎重施，你才朦朦胧胧刚刚入梦，中坜镇外就突然枪声大作、杀声震天。等你匆匆忙忙爬起来准备战斗的时候，所有的声音又忽然停了下来，仿佛什么事情都没有发生过。虽然也知道这只是支那人的骚扰战术，但敌人就在你眼皮底下活动，无论是谁都不可能睡得踏实。就这样，七千多名鬼子又在惶惶然中度过了半宿的“难眠之夜”。
天已经大亮，但太阳却迟迟没有露面，漫天的乌云好像比夜里还要厚重，远近的一切景物看上去都是混混沌沌的一片灰蒙。从中坜通往大仑的大道上，一队鬼子兵东瞅瞅西看看，一边小心谨慎地察看着大道上的可疑痕迹，一边警惕地观察着周围的一切。那提心吊胆的样子，早已让他们没有了从台北出发时的趾高气扬。
突然“轰隆”一声巨响，走在最前面的两个鬼子飞上了西天，后面的鬼子呼喇一下子全都卧倒，等了半天见没有什么动静，这才哆哆嗦嗦地爬了起来。
看着两名倒在血泊中的大和勇士，折泽静夫少佐忍不住发出了一声怒吼：“支那人良心大大的坏了，统统死拉死拉的有！”说着，他挥起军刀狠狠向路边的竹林砍去。直到削断了十几棵毛竹后，他才渐渐将情绪平复了下来。
作为西路军的前卫部队，折泽静夫率领的这个步兵中队算是窝囊透了。打从台北出发开始，他们就没有得好，台湾暴民一波接一波的袭扰，弄得折泽静夫少佐都有些神经质了。而且台湾的土匪也变得越来越狡猾，他们并不与皇军正面硬拼硬打，而是采用埋地雷、打冷枪，小偷小摸的干活，进行骚扰。
今天一早儿，满脸都是疲惫之色的折泽静夫少佐指挥着部队刚一出中坜镇，昨天那噩梦式的一幕又开始重演。从出发到现在不过一个多小时，又有五名大和精英在支那人的地雷和卑鄙的偷袭中为天皇陛下尽忠。面对着路面上的斑斑血迹，折泽静夫心中一阵心烦意乱：支那人的地雷实在是太让人防不胜防了，一路上隔不了多远，就会有几处地方象是被挖掘过。等你小心翼翼对其排查，却发现根本就什么都没有，最可恶的是有的里面竟然是一些屎尿粪便。可是你刚一放松，就会在附近踩响一颗货真价实的地雷。唉！照这样下去，恐怕到了新竹，自己的前卫中队也剩不下多少人了！
闪电一晃，划破长空，混沌的天空仿佛再也不能承受它的沉重，雨终于噼里啪啦的下了起来。“特拉拉！”随着一声震耳欲聋的巨大霹雳，早已如惊弓之鸟的小鬼子们，全都下意识地趴到了地上，身子犹自在轻轻地颤抖着……
抗日联军的总指挥部也设在金广福公馆的后院之中。长方形的厅堂中间用八张八仙桌拼成了一个矩形的大桌案，邢亮、萧山、王承斌以及新楚军统领杨载云、黑旗军统领吴彭年、新苗军统领吴汤兴等抗日联军的高级领导人正围着桌案团团而坐。
看完王承斌刚刚拿来的军情通报，邢亮抬起头对众人说道：“咱们前期的作战安排虽然也取得了一些成效，但东路的比志岛支队却一直不为咱们的引诱所动，它始终与西路的日军主力保持着一定的距离。现在，西路日军已经前进至杨梅，东路日军也已攻陷大科嵌，大家说说看这一仗到底该如何进行？我们预定的战略目标是否还能够达成？”
邢亮的问话，让众人都皱起眉头，又陷入了沉思之中。倭寇此次南侵新竹，出动的兵力大约是一万二、三千人，其中西路是倭寇的主力，将近8000人；东路作为辅攻只有4000多人，且战斗力也要比近卫师团弱一些。有鉴于此，抗日联军制定的作战思路就是‘集中兵力，先打弱敌’，在东路集中大约20个营的兵力，伺机吃掉倭寇的东路军。不过，这一作战方案存也在着一个极大的难点，就是台湾的地形过于狭窄，东西两路日军最多也就相距三、四十里远，一旦不能将其迅速歼灭，西路日军就会前来救援。本来，抗日联军是打算通过不间断的骚扰，尽量迟滞西路日军的行军速度；与此同时，对东路日军实行诱敌深入，从而拉开两路敌人的当子，然后再集中力量消灭东路的倭寇。然而，不知道是敌人已经对此有所防范，还是比志岛支队上次被志愿军打怕了，尽管抗日联军在东路的骚扰袭击要轻许多，它们却并不冒进。