与此同时，滞留在下关的数万难民，眼见日军进攻猛烈，步步逼近南京，而下关又是南京水陆交通的枢纽，是日军进攻的主要目标，必定即将陷入敌手。向浦口渡江人多船少，与需相差太远太远了。迫于危急，与其等死不如劳其筋骨，到上游去另找渡口，于是滞留在下关的一部分人便向上新河方向移动。此外，在日军进攻雨花台的战斗日趋激烈的时候，城里的一些人知道中央军已将挹江门封闭，而又估计日军攻陷南京仅仅是时间问题。为了躲避日军的屠杀，有少数人便从水西门、汉中门出城，涌向城西，以为到乡间便可以避难。
上述这三部分人加在一起为数众多，加之从战场上溃退下来而已抛弃武器的士兵，他们准备从此为民而去逃生。
12月13日下午，日军谷寿夫师团侵入南京城里进行大屠杀，在向下关进攻的途中，即在水西门、汉中门外广阔的地域内与那三批难民相遇。此处东方城墙，西面大江，北面已是陷入敌手的下关，南面是南方追上来的日军第6师团，在凶虐的谷寿夫指挥下，对准数万难民开枪射杀，水西门外、江东门、三汊河广播电台、新河口、荷花池、江滩、棉花堤、东狱庙等等广阔的地带，尸横遍野，人血涂地，惨不忍睹。
上新河地区的集体屠杀，第6师团师团长谷寿夫作为“战功”已有明确记载。
攻陷雨花台后的第6师团步兵第45联队绕南京城西侧，扫荡了扬子江地区。谷寿夫就当时的“军事行动”这样说：“到处遇到从南边逃出来的万余敌人，我们予以重创，江岸全为尸体复盖。”(引自《大屠杀》第26页)
这里谷寿夫扯了弥天大谎，把“上述三方面的难民”说成是“从南边逃出来的敌人”，这“敌人”无疑是指中国“难民”。须知，我们从前面“芮芳缘等在花神庙附近掩埋国军尸体2000多具”便可知道，守卫雨花台的部队牺牲重大，撤退下来的人数不多，更重要的是，中国部队于12月12日下午5时开始撤退，水路撤退者手上控制有船只，陆路突围者有明确路线，方向和目的地。各级指挥官和参谋们决不会指挥自己的部下钻进水网地区的死角——上新河一带待毙。把难民说成是敌人，这本身就是军国主义意识的反映。
在上新河地区的集体屠杀，中国方面也有证人，主动掩埋尸体者清点了尸体的数目，证据确凿无疑。
当地对外文化协会的汪良，就上新河这一带市民被大屠杀的问题，向中国归来者联络会的山冈繁提供事实说：
这里集中大约一万五千个人，他们准备渡江，逃往扬子江上游。渡江后，船未曾再度返回。日本兵包围了失去避难场所的难民，从三个方面一齐进行射击，并用汽油点火进行烧杀。许多人无法逃跑，只得跳入江中，被洪水吞没。”(山冈繁《访中华人民共和国的战争灾区》第15页)
第二部分第17节铁证如山(9)
另一件事发生在附近的江东门木桥上。据说：
逃得晕头转向的难民，为了过桥，互相挤在这座桥上，致使木桥倒坍，桥上的人全部落入河中。后面的难民源源不断地涌来，也一个个落水，倾刻之间，河里尽是人。日本兵追到这里，一齐用机枪扫射，击毙了三千人左右。这些人几乎都是从城里逃出来的难民。(山冈繁《访中华人民共和国的战争灾区》第14页)
以上两点转引自《大屠杀》第27至28页。需要澄清的是：后一点在文字表述上存在问题。比如“后面的难民源源不断地涌来，也一个个落水，倾刻之间，河里尽是人”，没有说清楚从断桥上落水的到底是多少人?这种文字上表述不准确，后来被田中之流等人钻了空子，强词夺理地说“从断桥上落水三千人是不可能的”。但是，我们考证历史时只能从事实出发，而不是在文字上做游戏。侵华日军第6师团步兵45联队在江东门一带屠杀市民3000人左右，谷寿夫作为“功绩”已载入《军情报告》。日军陆军参谋本部所编《支那事变陆战史概要》中对第6师团此次军事行动也有明确叙述，任何别有用心者都推翻不了。
关于江东门的集体屠杀，幸存者刘世海也可以证实：刘世海原是守卫雨花台部队的士兵，退到下关后，想过江又没有船，一行50余人沿江到上游找船。12月16日，从三汊河转到江东门，打算向芜湖方向逃命，一路上看到许多尸体横陈，有男有女，还有小孩。再往前走，死者更多。
他们到了江东门，在模范监狱门前，被一队日本兵拦住。他们把白旗举给日本兵看，并对他们说：“我们是投降后的士兵。”日本兵明知他们已放下了武器，不问青红皂白，把他们强行赶到监狱东边的一块菜地里，命令他们排成一队。周围有五六十个日本，其中有十几个提着军刀，其他的都上了刺刀，冷不防日本兵从四周冲上来，用军刀、刺刀乱砍乱杀。他的脖子上被砍了一刀立即昏死过去。等他苏醍过来时，天已经黑了，而他身上却压着两个死人，便使劲推开尸体，站立起来。幸亏脖子上的伤口还不很深，而且血已经止住了。趁着天还没有亮，他忍痛离开那块菜地，经历艰险，辗转逃出生命。
他现在脖子上仍有约10厘米长的伤疤作证。
盛世徽捐资埋尸28730具更是铁的证据。他就日军在上新河地区大屠杀一案，在1946年1月9日的《南京市抗战损失调查委员会呈文》中说：
事由：为日寇残害我军民二万八千七百三十人于上新河附近，被俘毙命由。
窃民等籍隶湖南，以木业行商，旅居上新河历有年所，家业财产全在，为财未离。不幸于民国二十六年冬间，日寇沦陷南京时，惟上新河区甚险。东方城墙，西方大江，北方下关，敌在追射南方雨花台大军，退下兵多混乱，四方无处措身，被俘遭敌戳杀。就江东门、汉西门、凤凰街、广播电台、自来水厂、皇木厂、新河口、拖板桥、菩提阁、菜市口、荷花池、螺丝桥、江滩、棉花堤、双闸、东狱庙各地，尸横遍野，人血染地，凄惨万状，而人民被害者多系别地逃难来此，本地居民早已逃避。民等在死尸丛中躲出，耳闻目视日寇杀害我国军民。……民等被拉扛掳物，心惊胆跳，可怜死者抛尸露骨，民等不忍，助款雇工将尸掩埋。每具尸体以法币四角，共费法币一万余元，此系安慰死者聊表衷心……
(9)在蒋王庙附近诱杀虏500余人
12月15日下午，在蒋王庙附近，由大汉奸高冠吾出面，诱骗散兵约500余人就地放下武器，当场集体屠杀。
当时有1000多名教导总队和83军官兵，由于12日夜间慌忙撤退，或掉队或与部队失掉联络，躲藏在紫金山北坡和蒋王庙附近的丘陵深草丛中，处境相当危险。
中午时分，日伪督办高冠吾皆同其爪牙10余人，分乘三辆打着美国星条旗的小轿车从太平门开出来到蒋王庙，冒充美国驻华使馆的工作人员，招来散兵代表“谈判”，诈称“只要散兵们放下武器，美国使馆将出面和日军交涉，保证安全，负责用汽车送进城里难民区避难。将来再出去报效祖国”。散兵被集体屠杀，只有吴炳生等几个人死里逃生。
(10)在下关南通路的集体屠杀。
胡春庭证实：1937年12月18日，日本兵将我这放下武器的军人和难民300余人，集中在南通路之北的麦地里，用机枪射杀，无一生还，将尸体弃在麦地里而去。胡春庭联合有劳动力的难民，就地掘土掩埋了。但后来日本人在此挖土填垫海运码头，至将所埋尸骨痕迹毁尽无余。
(11)在姜家园南首的集体屠杀。
1937年12月15日下午2时，日军在挹江门姜家园南首，将居民300余人集中起来，用机枪射杀，或纵火烧毙，无一生还。
(12)在鼓楼四条巷的集体屠杀。
1937年12月16日，日军在鼓楼四巷难民区，将张义魁等50余人，集体屠杀。
(13)在下关又一次集体屠杀。
1937年12月15日，日军在大方巷难民区内，将青年单耀亭等4000余人，押至下关，用机枪射杀，无一生还。
(14)在北圩的集体屠杀。
1937年12月15日，日军在北圩将熊桂弟等30余人，集体用机枪射杀。
(15)在四条巷塘边的集体屠杀。
1937年12月16日上午10时，日军在中山北路前法官训练所旧址，将平民吕发林、吕启云、张德智、张德亮、张务海等100余人，拖至四巷塘边，用机枪射杀，无一生还。
(16)在大方巷的集体屠杀。
1937年12月16日上午，日军在鼓楼五条巷4号，搜捕徐静森等10余人，押至大方巷广场上，以机枪扫射。
(17)在龙江桥口的集体屠杀。
1937年12月19日上午，日军在龙江桥口，将我军民500百余人绑扎后，全体推于马路空地旁，以机枪射杀后，纵火烧尸，尚有气息者，更以刺刀连续戳毙。
(18)在大方巷广场上的又一次集体屠杀。
1937年12月16日上午，日军在鼓楼五条巷4号难民区内，将平民王岩、陈肇委、胡瑞卿、王克村等数百人，驱至大方巷广场上，以机枪射杀。